在一項(xiàng)新的研究中，來自美國休斯頓大學(xué)的研究人員努力讓T細(xì)胞免疫療法更加安全，他們開發(fā)了一種名為CrossDome的工具，該工具結(jié)合遺傳信息和生化信息來預(yù)測T細(xì)胞免疫療法是否可能錯誤地攻擊健康細(xì)胞。相關(guān)研究結(jié)果于2023年6月12日發(fā)表在Frontiers in Immunology期刊上，論文標(biāo)題為“CrossDome: an interactive R package to predict cross-reactivity risk using immunopeptidomics databases”。
基于T細(xì)胞的免疫療法在抗擊癌癥和傳染病方面有著巨大的潛力，因?yàn)樗鼈冇心芰ｉT靶向病變細(xì)胞，包括癌癥轉(zhuǎn)移。然而，由于它可能識別健康細(xì)胞的未知靶標(biāo)，這種潛力受到了安全問題的影響。
(相關(guān)資料圖)
在一種情形下，科學(xué)家們構(gòu)建了特殊的T細(xì)胞，它們被認(rèn)為靶向一種在稱為黑色素瘤的皮膚癌中發(fā)現(xiàn)的蛋白。然而，這些T細(xì)胞最終也攻擊了在一些患者的心臟細(xì)胞中發(fā)現(xiàn)的一種不同的蛋白。這對心臟造成了嚴(yán)重?fù)p害。
論文通訊作者、休斯頓大學(xué)計(jì)算生物學(xué)助理教授Dinler Antunes說，“我們的CrossDome工具有助于預(yù)測基于T細(xì)胞的免疫療法的潛在風(fēng)險。它使用不同類型的信息（稱為多組學(xué)）的組合來進(jìn)行預(yù)測，并確定這種療法除了靶向預(yù)定的病變細(xì)胞之外，是否可能意外地傷害健康細(xì)胞。通過分析多種因素，CrossDome為基于T細(xì)胞的免疫療法的安全性提供了新的見解，并可能幫助科學(xué)家們開發(fā)更安全的治療方法。”
圖片來自Frontiers in Immunology, 2023, doi:10.3389/fimmu.2023.1142573。
為了測試CrossDome的有效性，Antunes和Altunes實(shí)驗(yàn)室博士后Andre F. Fonseca用它來預(yù)測16個廣為人所知的T細(xì)胞交叉反應(yīng)病例中的潛在錯誤，包括黑色素瘤-心臟損害病例。該工具成功地將一種心臟蛋白確定為T細(xì)胞的潛在靶標(biāo)，在數(shù)以千計(jì)的其他蛋白中把它列為高風(fēng)險的候選靶標(biāo)。
為了加強(qiáng)這些研究結(jié)果，Antunes結(jié)合了來自不同功能數(shù)據(jù)集的信息，以幫助評估某些基因的表達(dá)量，以及它們與某種名為HLA的分子結(jié)合的可能性，從而引發(fā)免疫反應(yīng)。Antunes說，“這些信息幫助我們決定哪些潛在的非靶標(biāo)基因值得在實(shí)驗(yàn)中測試。”
CrossDome的用戶可以是技術(shù)用戶，也可以是非技術(shù)用戶。它的功能允許那些知道如何編碼的人進(jìn)行更高級的控制，同時也為那些沒有編碼經(jīng)驗(yàn)的人提供了易于使用的界面。（生物谷 Bioon.com）
參考資料：
1. Andre F. Fonseca et al. CrossDome: an interactive R package to predict cross-reactivity risk using immunopeptidomics databases. Frontiers in Immunology, 2023, doi:10.3389/fimmu.2023.1142573.
2. New tool predicts if immunotherapy will mistakenly attack healthy cellshttps://medicalxpress.com/news/2023-06-tool-immunotherapy-mistakenly-healthy-cells.html
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